Marcin Flis urodził się 10 lutego 1994 roku w Bychawie. Jako młodzieżowiec występował w drużynach Stok Zakrzówek, Sygnał Lublin i w Ruchu Chorzów. Był Reprezentantem Polski w drużynach U17, U18, U19 i U20. Z młodzieżowej drużyny Ruchu Chorzów w 2011 roku przeszedł do drugiej drużyny Bełchatowa, skąd po roku trafił do pierwszej drużyny spędzając tam cztery lata. Kolejnym Klubem Flisa był Piast Gliwice, skąd na zasadzie wypożyczenia trafił do drużyny GKS Katowice. 30 czerwca 2016 roku skończyło się wypożyczenie Flisa. 10 stycznia 2018 roku trafił on do Górnika Łęczna, skąd pół roku później przeszedł do pierwszoligowej Sandecji Nowy Sącz.

Marcin Flis w dniu dzisiejszym podpisał kontrakt z mieleckim klubem obowiązujący przez rok z opcją przedłużenia o kolejne 12 miesięcy.
Flis będzie występować z numerem 6 na koszulce