Pogoń Szczecin to klub założony 21 kwietnia 1948 r. pod nazwą Klub Sportowy Sztorm. W kolejnych latach nazwa jeszcze kilkukrotnie się zmieniała, aż w końcu w roku 1955 zmieniono ją na Klub Sportowy Pogoń, nawiązując do tradycji Pogoni Lwów.
Trzy lata później pod wodzą trenera Floriana Krygiera, zespół dokonał pierwszego, historycznego awansu na najwyższy poziom rozgrywkowy w Polsce, wówczas na l Ligę. Był to dla tego zespołu sezon wyjątkowy i niepowtarzalny, gdyż na przestrzeni całych rozgrywek drużyna nie przegrała żadnego meczu. Przez następne dwa sezony Portowcy zajmowali 10 i 12 miejsce (na 12 możliwych), tak więc w roku 1960 spadli z ligi.
Następne lata, 60-te były pełne wzlotów i upadków, szybkich spadków i awansów. Ostatecznie jednak po awansie w sezonie 1965/66, Pogoń nie spadła z ligi przez następne 13 sezonów – był to najdłuższy nieprzerwany okres gry Pogoni w l Lidze. Drużyna ze Szczecina niezwykle blisko pierwszego miejsca w tabeli była w sezonie 1970/71, kiedy to ostatecznie zakończyli rozgrywki na 4 miejscu, tuż za Górnikiem Wałbrzych, z którym przegrali tylko gorszym bilansem bramkowym.
Pogoń w latach 80-tych odnosiła jak dotąd największe sukcesy. Dotarli oni dwukrotnie do finału krajowego pucharu, jednakże obydwa te finały przegrali, pierwszy w Koszalinie, z Legią Warszawa, natomiast następny przegrali z Lechem Poznań. Zadebiutowali oni wtedy także w Europie. Pierwszy historyczny mecz w pucharze UEFA, rozegrali z Niemieckim FC Koeln. W dwumeczu zespół z Polski przegrał 3:1. Pogoń wystąpiła także dwukrotnie w rozgrywkach Intertoto, 2 razy wygrywając grupę i ogrywając chociażby Niemiecki Werder Brema czy Szwedzkie Malmo.
Na przełomie tysiąclecia rozpoczął się bardzo trudny czas dla ekipy ze Szczecina. W klubie po decyzji Zarządu Portów Szczecin – Świnoujście o wycofaniu się z dalszego finansowania klubu musiano szukać nowego inwestora. Znaleziono Turka, Sabriego Bekdasa. Jego polityka opierała się na sprowadzeniu do klubu piłkarskich gwiazd za duże pieniądze, które miały gwarantować wynik sportowy. Po sprowadzeniu choćby Olga Salenki (króla strzelców Mundialu w 1994), Grzegorza Mielcarskiego, Kazimierza Węgrzyna czy choćby Jerzego Podbrożnego, skutkowało zdobyciem srebrnego medalu w sezonie 2000/01.
Po tym sukcesie przyszły ogromne zawirowania i kłopoty. Z powodu niedotrzymania umowy miasta z Bekdasem, Turek wycofał się z klubu i zostawił go z ogromnymi długami. Doszło zatem do kolejnej zmiany właścicielskiej, a klub przejął Les Gordon. Jego rządy, jak i również kolejne przepychanki z miastem doprowadziły klub do upadku.
Kolejne lata stały pod znakiem odbudowy klubu. Pogonią zainteresował się znany w polskim środowisku piłkarskim Antoni Ptak.
Klub po spadku z ligi w sezonie 2002/03, nie dostał drugoligowej licencji. Stowarzyszenie Kibiców Pogoni Szczecin – Pogoń Walcząca, założyło w 2003 r. klub piłkarski Pogoń Nowa Szczecin, który został zgłoszony do rozgrywek czwartoligowych w sezonie 2003/04. Pojawił się wtedy wcześniej wspomniany Antoni Ptak, który wraz z końcem sezonu 2002/03 postanowił przenieść z Piotrkowa Trybunalskiego do Szczecina drużynę z ll-ligową licencją i zmienić jej nazwę na MKS Pogoń Szczecin. Wywołało to pewne kontrowersje, jednak działacz zrealizował swój pomysł i ostatecznie uzyskał prawa do nazwy, barw i tradycji w wyniku umowy z Pogonią Nową. Do rejestracji spółki doszło w 2003 r. Pierwsza drużyna zajęła miejsce Piotrkowi w ll Lidze, natomiast miejsce Pogoni Nowej w lV Lidze, kibice przekazali rezerwom. Drużyna w sezonie 2003/04 wygrała ll Ligę i awansowała do Ekstraklasy.
Podczas kilkuletnich rządów Ptaka, głośno zrobiło się o “Brazylijskiej Pogoni”, polegało to na tym, że po jednej z rund sezonu Ekstraklasy, Antoni Ptak nie był zadowolony z wyników zespołu i w trakcie przerwy zimowej zdecydował się sprzedać większość zawodników i zastąpić ich Brazylijczykami znalezionymi za oceanem przez jego syna, Dawida. Historycznym wydarzeniem był moment, kiedy to przeciwko GKS-owi Bełchatów w składzie Pogoni nie znalazł się ani jeden Polak, zagrał 1 Słowak i 10 Brazylijczyków. Projekt ten jednak nie okazał się być sukcesem, Pogoń sezon zakończyła na 11. miejscu.
Później było już tylko gorzej, Pogoń Antoniego Ptaka w sezonie 2006/07 zajęła ostatnie miejsce i spadła z ligi. Właściciel wyprzedał zawodników, a także negocjował sprzedaż klubu, bądź przeniesienie go do innego miasta, jednakże pod inną nazwą, gdyż prawo do herbu, tradycji i nazwy należały do Stowarzyszenia Morski Klub Sportowy Pogoń Szczecin.
Antoni Ptak chciał „uwolnić się” od Pogoni. Jego przedstawiciele negocjowali sprzedaż z dwoma biznesmenami, jednakże ostatecznie odmówił tego, co wiązało się z likwidacją. Zainteresowani nabywcy utworzyli spółkę akcyjną na bazie Pogoni Nowej.
Po wycofaniu się Ptaka, powróciło miejsce w lV Lidze. 24 Lipca utworzono Pogoń Szczecin Spółkę Akcyjną w której udziały mieli: Artur Kałużny, Grzegorz Smolny, Dariusz Adamczuk, Grzegorz Matlak, a także Stowarzyszenie Klub Sportowy Pogoń Szczecin Nowa. Rozpoczął się wtedy żmudny proces odbudowy klubu od lV Ligi.
Ostatecznie pod wodzą Ryszarda Tarasiewicza, 10 kwietnia 2012 roku Pogoń Szczecin awansowała do Ekstraklasy i gra w niej nieprzerwanie aż do dnia dzisiejszego. Warte zaznaczenia jest również to, że w sezonie 2008/09 klub ponownie dotarł do finału Pucharu Polski, który znów przegrał, tym razem z Jagiellonią.
Od momentu powrotu na poziom Ekstraklasy, Pogoń wyróżnia się przede wszystkim bardzo dobrą organizacją w klubie, za którą idzie rozwój Akademii i bardzo dobry wynik sportowy.
Nie bez powodu w Szczecinie mogą chwalić się wypuszczeniem za granicę młodych i perspektywicznych graczy za duże pieniądze takich jak: Kacper Kozłowski, Adrian Benedyczak czy Jakub Piotrowski. Jeśli chodzi o wynik sportowy to z roku na rok jest lepiej, klub systematycznie pnie się w górę, czego skutkiem jest to że, ponownie zawitał na podium i to dwa lata z rzędu, zdobywając w dwóch ostatnich sezonach brązowy medal.
W tym sezonie ekipa Jensa Gustafssona spisuje się coraz lepiej i na pewno będzie chciała przebić zeszłoroczny wynik.
