Trzy lata po tym wydarzeniu pod wodzą trenera Floriana Krygiera, zespół dokonał pierwszego, historycznego awansu na najwyższy poziom rozgrywkowy w Polsce, wtedy l Ligę. Portowcy kolejno przez następne dwa sezony zajmowali 10 i 12 miejsce (Na 12 możliwych), tak więc w 1960 r., spadli z ligi. Następne lata, były pełne wzlotów i upadków. Szybkich spadków i awansów. Ostatecznie po awansie w sezonie 1965/66, Pogoń nie spadła z ligi przez następne 13 sezonów-był to najdłuższy nieprzerwany okres gry Pogoni w l Lidze. Pogoń w latach 80 odnosiła jak dotąd największe sukcesy. Dotarli oni dwukrotnie do finału krajowego pucharu, obydwa przegrali-kolejno z Legią i Lechem. Zadebiutowali oni wtedy także w Europie. Pierwszy historyczny mecz w Europie, a konkretnie w pucharze UEFA, zagrali z Niemieckim FC Koeln. W dwumeczu zespół z Polski przegrał 3:1. Ekipa ze Szczecina wystąpiła także dwukrotnie w rozgrywkach Intertoto, dwukrotnie wygrywając grupę, ogrywając, chociażby Niemiecki Werder Brema czy Szwedzkie Malmo.

Na przełomie tysiącleci rozpoczął się bardzo trudny czas dla ekipy ze Szczecina przede wszystkim z powodu wycofania się głównego sponsora. Znaleziono nowego inwestora, pana Sabriego Bekdasa. Jego polityka opierała się na sprowadzeniu do klubu piłkarskich gwiazd za duże pieniądze, które miało gwarantować wynik sportowy. Sprowadzenie choćby Olga Salenki (króla strzelców Mundialu w 1994), Grzegorza Mielcarskiego, Kazimierza Węgrzyna czy choćby Jerzego Podbrożnego, zaskutkowało to zdobyciem srebrnego medalu w sezonie 2000/01. Po tym sukcesie przyszły ogromne zawirowania i kłopoty. Turek wycofał się z klubu i zostawił go z ogromnymi długami. Doszło zatem do kolejnej zmiany właścicielskiej, a klub przejął Les Gordon. Jego rządy, jak i również kolejne przepychanki z miastem, doprowadziły klub do upadku. Kolejne lata stały pod znakiem odbudowy. Pogonią zainteresował się znany w Polskim środowisku piłkarskim, Antoni Ptak.

Po upadku klubu stowarzyszenie Kibiców Pogoni Szczecin — Pogoń Walcząca, założyło w 2003 r. klub piłkarski Pogoń Nowa Szczecin, który został zgłoszony do rozgrywek czwartoligowych w sezonie 2003/04. Pojawił się wtedy wcześniej wspomniany Antoni Ptak, który wraz z końcem sezonu 2002/03 postanowił przenieść z Piotrkowa Trybunalskiego do Szczecina drużynę z ll-ligową licencją i zmienić jej nazwę na MKS Pogoń Szczecin. Działacz zrealizował swój pomysł i ostatecznie uzyskał prawa do nazwy, barw i tradycji w wyniku umowy z Pogonią Nową. Drużyna w sezonie 2003/04 wygrała ll Ligę i awansowała do Ekstraklasy. Pogoń Antoniego Ptaka w sezonie 2006/07 zajęła ostatnie miejsce i spadła z ligi. Właściciel wyprzedał zawodników, a także negocjował sprzedaż klubu, bądź przeniesienie go do innego miasta jednakże pod inną nazwą, gdyż prawo do herbu, tradycji i nazwy należały do Stowarzyszenia Morski Klub Sportowy Pogoń Szczecin. Przedstawiciele Ptaka negocjowali sprzedaż dwóm biznesmenom, jednakże ostatecznie odmówiono, co wiązało się z likwidacją.

Zainteresowani nabywcy utworzyli więc spółkę akcyjną na bazie Pogoni Nowej. Po wycofaniu się Ptaka powróciło miejsce w lV Lidze. 24 Lipca, utworzono Pogoń Szczecin Spółkę Akcyjną, w której udziały miało czterech biznesmenów oraz Stowarzyszenie Klub Sportowy Pogoń Szczecin Nowa. Rozpoczął się wtedy żmudny proces odbudowy klubu od lV Ligi. Ostatecznie pod wodzą Ryszarda Tarasiewicza, 10 kwietnia 2012 roku Pogoń Szczecin awansowała do Ekstraklasy i gra w niej nieprzerwanie aż do dziś. Warte zaznaczenie jest również to, że w sezonie 2008/09 klub ponownie dotarł do finału Pucharu Polski, który ponownie jednak przegrał, tym razem z Jagiellonią. Od momentu powrotu na poziom Ekstraklasy, Pogoń wyróżnia się przede wszystkim bardzo dobrą organizacją w klubie, za którą idzie rozwój akademii i bardzo dobry wynik sportowy. Przykładem tych działań jest choćby sprzedaż młodych piłkarzy za duże pieniądze takich jak Kacper Kozłowski, Adrian Benedyczak czy Jakub Piotrowski.

Jeśli chodzi o wynik sportowy to z roku na rok jest lepiej, klub systematycznie pnie się w górę czego skutkiem jest to, iż ponownie zawitał na podium, i to dwa lata z rzędu, zdobywając w dwóch ostatnich sezonach brązowy medal. W tym sezonie ekipa Jensa Gustafssona ciąglę łapie DNA nowego trenera, jednak efekty jego pracy już możemy oglądać. Przede wszystkim w oczy rzuca się świetne konstruowanie akcji wieloma podaniami, taka gra jest przede wszystkim bardzo widowiskowa. Czeka nas zatem trudne spotkanie, ale nasi piłkarze dawali radę już nie takim rywalom!