Jagiellonia Białystok to klub z województwa podlaskiego i jedyny przedstawiciel na poziomie ekstraklasy właśnie z tego regionu. Założony został 30 maja 1920 roku przez żołnierzy Zapasowego Batalionu 42-go Pułku Piechoty. Wówczas klub nazwany został WKS 42 Pułku Piechoty Białystok (Wojskowy Klub Sportowy). 27 stycznia 1932 roku klub przekształcił się w cywilno-wojskowy Białostocki Klub Sportowy Jagiellonia. Powstał on ze złączenia WKS 42 Pułku Piechoty i Klubu Sportowego Związku Młodzieży Wiejskiej. Jagiellonia przejęła ich zawodników, obiekty, tradycje i miejsce w rozgrywkach. Nazwa Jagiellonia wiązała się z historią miasta, która przeplatała się z rodem Jagiellonów.
Po wojnie pierwsza próba reaktywacji Jagielloni nastąpiła w 1945 roku, ale była to próba nieskuteczna. Na dobre Jaga została reaktywowana w 1957 roku, kiedy to połączone zostały dwa kluby Budowlanych Białystok i Sparty Białystok. Klubowi przywrócono wtedy dawne tradycje, herb przedwojenny oraz żółto-czerwone i biało-czerwone barwy.
Po wielu latach od pierwszego oficjalnego założenia klubu, dzięki ciężkiej pracy wielu ludzi na czele z Michałem Urbanem, Grzegorzem Bielatowiczem czy Ryszardem Karalusem, w końcu pod wodzą późniejszego selekcjonera Janusza Wójcika, Jagielloni udało się awansować do najwyższej klasy rozgrywkowej, kończąc rozgrywki z 15-to punktową przewagą. Stało się to w sezonie 1886/87.
Pierwszy runda w debiutanckim sezonie w Ekstraklasie (wówczas 1 Liga) nie była udana. Białostoczanie zakończyli ją bowiem na 14. pozycji, zwolniony został Janusz Wójcik, a stery przejął jego asystent, Mirosław Mojsiuszko. W drugiej rundzie Jaga wygrała wszystkie mecze u siebie i zakończyła sezon na 8. pozycji. Warte podkreślenia jest to, jakie Jagiellonia otrzymywała wsparcie ze strony swoich kibiców w tamtych czasach. Już na meczach 1 Ligi (wówczas 2 Liga), średnia liczba kibiców na każdym domowym meczu wynosiła 20 tys. ludzi na stadionie. Natomiast na pierwszym, inaugurującym spotkaniu z Widzewem Łódź na stadionie pojawiło się 36 tys kibiców.
W następnym sezonie Jagiellonia również zdołała utrzymać się spokojnie na najwyższym poziomie rozgrywkowym w Polsce, również na 8 miejscu. Dołożyła do tego również finał Pucharu Polski, w którym jednak musiała uznać wyższość Legii Warszawa. W sezonie 1989/90 białostoczanie pierwszy raz spadli z Ekstraklasy, do której jednak wrócili już po dwóch latach. Tego wydarzenia kibice z Podlasia na pewno nie wspominają dobrze, bo zespół od razu po awansie z hukiem spadł do niższej ligi z powrotem. Na dobre drużyna z Podlasia awansowała do Ekstraklasy w sezonie 2006/07 pod wodzą Ryszarda Tarasiewicza. Od tamtej pory aż do teraz Jagiellonia regularnie gra na najwyższym szczeblu. W tym czasie dołożyła również zdobycie Pucharu i Superpucharu Polski pod wodzą Michała Probierza.
Trener Probierz na gali 90-lecia Jagielloni Białystok został wybrany najlepszych trenerem w historii Jagielloni, odnosząc z klubem najbardziej znaczące wyniki, Puchar i Superpuchar, a także wicemistrzostwo kraju.
Podczas wcześniej wspomnianej już gali 90-lecia, zostały utworzone także kategorie indywidualne jak: moment, bramka, trener i piłkarz. W kategorii moment wygrała chwila zdobycia przez klub PP, a nagrodę wręczono Andrusowi Skerli, strzelcowi jedynej bramki w finałowym meczu. Kategorię bramka wygrał gol strzelony przez Jarosława Michalewicza, który to był pierwszym strzelonym na boiskach Ekstraklasy, natomiast w kategorii piłkarz wygrał Tomasz Frankowski. To wychowanek tego klubu, który rozegrał w nim 129 spotkań i strzelił najwięcej bramek w historii – 53.
Obecnie Jagiellonia Białystok to klub, który przez ostatnie lata nie odnosi większych sukcesów. Trzy ostatnie sezony ukończył kolejno na 8, 9 i 12 pozycji. Od rundy jesiennej zeszłego sezonu za klub odpowiada Prezes Wojciech Pertkiewicz i Dyrektor Sportowy Łukasz Masłowski, do których od tego sezonu dołączył Trener Maciej Stolarczyk, razem chcą przywrócić Jagiellonię na czołowe lokaty w tabeli.
